Stefan Skupien arbeitete nach seiner Dissertation zur ghanaischen Verfassungspolitik als Referent in den Präsidien der Humboldt-Universität und der Freien Universität. Motiviert von Fragen der Internationalisierungsstrategien deutscher Hochschulen war er von 2016 bis 2019 Projektleiter zu afrikanisch-europäischen Forschungsbeziehungen in der Tropenmedizin und den Ingenieurswissenschaften am Wissenschaftszentrum Berlin. Die Studie beinhaltete Interviewreisen in acht afrikanische Länder und einen Forschungsaufenthalt am Centre for Research on Evaluation, Science and Technology der Stellenbosch University, South Africa, wo Stefan Skupien heute assoziierter Forscher ist. Als Fellow des Wikimedia-Programms Fellows Freies Wissen hat er 2019/20 eine open-Source Datenbank entwickelt und ein inspirierendes Netzwerk von Open Science-Enthusiasten kennengelernt.

Seit Juni 2020 arbeitet Stefan Skupien als wissenschaftlicher Koordinator im Objective 3 der Berlin University Alliance und verbindet dafür seine Erfahrung im Forschungsmanagement, der internationalen Wissenschaftsforschung und zum Thema Open Science.