Zusätzlich zu den drei Säulen gibt es in Horizont Europa noch die beiden Querschnittsthemen Ausweitung der Beteiligung und Stärkung des Europäischen Forschungsraumes.

Der Programmteil „Ausweitung der Beteiligung und Verbreitung von Exzellenz“ zielt darauf ab, die europäischen Länder, die bisher weniger am Forschungsrahmenprogramm teilgenommen haben und weniger forschungs- und innovationsstark sind (z.B. die sog. EU-13), zu unterstützen und ihre Beteiligung am Programm zu erhöhen.

„Stärkung des Europäischen Forschungsraumes“ bezieht sich auf Maßnahmen für die Reform und Verbesserung des europäischen Forschungs- und Innovations-Systems zur weiteren Etablierung eines europäischen Raumes in dem Forschende, Wissen und Technologien frei zirkulieren können – ein übergeordnetes Ziel der europäischen Forschungs- und Bildungspolitik.