Die Berlin University Alliance und die Umsetzung des gemeinsamen Antrags in der Exzellenzstrategie „Crossing Boundaries toward an Integrated Research Environment“ wird vom Board of Directors gesteuert, dem die Leitungen der beteiligten Einrichtungen angehören.

• Prof. Dr. Günter M. Ziegler, Präsident der Freien Universität Berlin und Sprecher der Berlin University Alliance
• Prof. Dr. Julia von Blumenthal, Präsidentin der Humboldt-Universität zu Berlin
• Prof. Dr. Geraldine Rauch, Präsidentin der Technischen Universität Berlin  
• Prof. Dr. Heyo K. Kroemer, Vorstandsvorsitzender der Charité – Universitätsmedizin Berlin