Der Vorstand der Kooperationsplattform setzt sich aus den Präsidentinnen und Präsidenten der Freien Universität Berlin, der Humboldt-Universität zu Berlin und der Technischen Universität Berlin sowie dem oder der Vorstandvorsitzenden der Charité – Universitätsmedizin Berlin zusammen.

Aktuelle Vorstandsmitglieder sind:

• Prof. Dr. Günter M. Ziegler, Präsident der Freien Universität Berlin und Sprecher der Berlin University Alliance
• Prof. Dr. Julia von Blumenthal, Präsidentin der Humboldt-Universität zu Berlin
• Prof. Dr. Geraldine Rauch, Präsidentin der Technischen Universität Berlin 
• Prof. Dr. Heyo K. Kroemer, Vorstandsvorsitzender der Charité – Universitätsmedizin Berlin

Die Mitglieder üben ihre Tätigkeit unentgeltlich aus. Der Vorstand wählt eine Sprecherin oder einen Sprecher sowie eine Vertreterin oder einen Vertreter für jeweils zwei Jahre. Die Sprecher*in leitet die Vorstandssitzungen und repräsentiert die Kooperationsplattform der Berlin University Alliance (BUA) nach innen und außen. Als leitendes Organ der Kooperationsplattform hat der Vorstand umfassende Aufgaben. Er entscheidet im Zuständigkeitsbereich der Kooperationsplattform unter anderem über deren inhaltliche und strukturelle Ausrichtung, den Erlass ihrer Satzungen, die Feststellung ihrer Haushaltspläne, die Bestellung der Geschäftsführung und die Bestimmung der Abschlussprüfenden. Der Vorstand ist bei Anwesenheit von mindestens drei Mitgliedern beschlussfähig und trifft Entscheidungen in der Regel durch Mehrheitsbeschluss. Einige Entscheidungen von besonderer Bedeutung erfordern jedoch die Zustimmung aller Vorstandsmitglieder.